"перечитывл пейджер, много размышлял" (С) Посмотрел код dfu-util, обнаружил что там таки есть поддержка нестандартных фич STM32, просто они вообще не документированы - из принципа. И сделано они слегка через задницу, так что строка записи с разлочкой чипа выглядеть должна как-то так:
dfu-util -a 0 --dfuse-address 0x08000000:unprotect:force -D файло.bin