сверяю масив пинмап со своим процом, пока все сходится недаром файл назван stm32f4xx
нашел странным что один и тот же таймер в одной и той же конфигурации с одним и тем же каналом используется на двух пинах
{&gpioa, &timer1,NULL, 8, 1, ADCx}, /* D22/PA8 2 */
{&gpioe, &timer1,NULL, 9, 1, ADCx}, /* D75/PE9 */
исодя из данных проги стмовской что праильно во вротом случае.
в случае если использовать d22 с таймером скорее всего будет задействована другая нога