И еще, может я сейчас глупость напишу, но меня смутил момент в f4light_MatekF405_CTR/board.h:
#define BOARD_USART1_TX_PIN PA10
#define BOARD_USART1_RX_PIN PA9
Дело в том, что по даташиту на проц PA10 - это USART1_RX, а PA9 - USART1_TX.
Такое же расхождение и с USART3.
USART4 и 5 соответствуют даташиту.