С помощью родной валкеровской проги "Serial Angel.exe", которая есть в каждой прошивке. Сделана она слегка через задницу, но худо-бедно работает. Не знаю как у других, но у меня она видит коптер только если не ставилось никаких драйверов ДО ТОГО, иначе тупо висит. Так что для нее поднята отдельная виртуальная машина с виндой в Виртуалбоксе, в кою прокидывается USB устройство "arduino (www.arduino.cc) Arduino Mega 2560". При первом подключении надо поставить родные валкеровские драйвера (тоже идут в комплекте), в результате должен получиться примерно такой экран:
ключевое тут - чтобы прога определила версию коптера.
Теперь нужно выбрать файл для сохранения. Повторюсь, прога написана через задницу, поэтому файл должен быть и нужного размера - у меня создавать файл оно отказалось, молча вешаясь. Я для этих целей использую оригинальный конфиг Валкеры - копирую в нужную папку и выбираю (согласившись на перезапись). Затем нажимаем кнопу "Upload" (да, именно ее - названия наоборот!), и понеслось скачивание. Пара секунд - и готово.